Universitas Muhammadiyah Yogyakarta sebagai salah satu Perguruan Tinggi Swasta yang sekaligus menjadi bagian dari sistem pendidikan nasional melakukan langkah-langkah guna meningkatkan kualitas pendidikan yang mampu memecahkan berbagai permasalahan serta mampu memenuhi harapan dan kebutuhan masyarakat. Guna mendukung hal tersebut Universitas Muhammadiyah Yogyakarta menyelenggarakan Program Pascasarjana,  sehingga menjadi Universitas yang mampu berperan sebagai Pusat Ilmu dan Teknologi dengan program penelitian dan pengembangan yang unggul. 

Program yang diselenggarakan Pascasarjana UMY untuk saat ini adalah : 

Program Magister Manajemen (MM) 

Terakreditasi B, SK. No. 001/BAN-PT/Ak-V/2006 Surat Ijin Ditjen Dikti No. 2699/D/T/2004.

Program Pascasarjana Magister Studi Islam (PPs-MSI)

Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI Nomor E/241/2001.

Program Doktor (S3)

Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama Ri No. Dj.Ii/451/2006.