Program Studi  Magister Ilmu Agama Islam (MIAI) pada Program Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Yogyakarta mempunyai visi  “Menjadi Program Studi Magister terkemuka dalam transformasi serta pengembangan nilai-nilai ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kajian keislaman di Asia Tenggara pada tahun 2025. Memahami keluasan wilayah kajian studi Islam maka konsentrasi program studi diarahkan pada : Manajemen Pendidikan Islam, Komuikasi dan Konseling Islam, Psikologi Pendidikan Islam, dan Kajian Pemikiran Hukum Islam.

Magister Ilmu Agama Islam memberikan kesempatan kepada semua sarjana (strata 1) untuk bergabung mengarungi samudera, berlayar dalam bahtera keilmuan  studi keislaman. Melalui program layanan akademik yang berbasis pada  prinsip produktif dan manfaat, ditargetkan mahasiswa lulus tepat pada waktunya. Alumni dari program studi MIAI diharapkan dapat melahirkan ilmuwan yang berperan mencerdaskan kehidupan bangsa dan  mengantarkan kepada Indonesia berkemajuan.