UMY memiliki organisasi yang terstruktur secara rapi, mulai dari pimpinan universitas hingga ke tingkat fakultas dan jurusan, yang saling bekerjasama dalam menguatkan dan mewujudkan visi serta misi UMY sebagai kampus yang Unggul dan Islami. SK Direktur Nomor 35/SK.PPs-UMY/X/2023 tentang Struktur Organisasi Program Pascasarjana UMY